時代背景
U.C.0106年，聯邦政府在終於使地球圈的混亂局面平息下來後，決定再度開始新殖民衛星的建設。但儘管作了如此的姿態，政策上卻仍然奉行地球至上主義，因此宇宙住民與地球住民間的裂痕越來越深，這時，由宇宙住民中政壇與商界名門所鼓吹的宇宙貴族主義，開始在殖民衛星中出現。
時值0111年底，聯邦軍決定著手新一代主力MS的開發，根據軍方的要求，阿納海姆開始制訂小型化MS的開發計劃，並於次年6月開始進行FORMULA機動戰士計劃。同時，在戰爭年代曾遭破壞的SIDE4，以FRONTIER之名開始重建工程。
0116年7月，名為F91的新型高達出廠。
0122年8月，原型機RX-F91正式完成。
12月，F91為進行頭部電腦的換裝而搬入FRONTIER。
STORY
U.C.0123年3月16日，殖民衛星FRONTIERSIDE遭到自稱C.V（死亡先鋒）的迷之MS部隊襲擊，造成FRONTIERⅣ的500多居民死亡、14萬人避難。在避難的人群中有GUNDAMF91開發者之一莫妮卡·阿諾博士的一對子女西布克、莉絲，以及羅納家族的次女貝拉·羅納，又名塞茜莉·費亞查爾德。羅納家族是C.V的領導者，提倡貴族主義並欲統一殖民衛星、建立宇宙巴比倫空中花園。塞茜莉的母親娜蒂婭不滿於家族的束縛而和一名叫希奧·費亞查爾德的下人私奔，當她發現希奧卑劣的人格後又拋下自己的女兒不知所蹤。當西布克等人來到碼頭，在其父雷茲利·阿諾的帶領下登上小型穿梭機時，塞茜莉在其養父希奧的脅迫下，離開西布克和自己的哥哥多雷爾一起返回羅納家。逃到FRONTIERⅠ的西布克一行，遇到了聯邦軍的練習船艦“宇宙方舟”。
3月19日至22日，C.V開始進攻FRONTIERⅡ、Ⅲ並將其壓制。因為缺少人手，西布克他們被拉入聯邦軍幫忙，也因此發現其母親開發的F91亦在此方舟內（採用了生物電腦的F91，事實上是專為NEWTYPE設計的）。莉絲還替機械師解答了母親在F91生物電腦中留下的迷題，這使得每啟動一次就會出故障的F91終於被完成了，又因“宇宙方舟”上只得比路基德一位駕駛員，故西布克被推上F91的駕駛艙，他的NEWTYPE能力也開始漸漸地覺醒了。另一方面，回到羅納家的塞茜莉受到祖父邁茲亞的熱烈歡迎，並想讓她成為宇宙巴比倫空中花園的女王。被祖父一番剖白打動的塞茜莉剪去長髮打算留在羅納家，並開始學習駕駛MS，教她駕駛MS的薩比尼（C.V中最強的“黑之部隊”隊長）亦發現塞茜莉也是NEWTYPE。
3月26日，C.V的最高指揮官鐵假面（塞茜莉的父親，原名卡羅佐，因妻子和別人私奔而戴上面具遮醜，乃是強化人類）在FRONTIERⅣ發表宇宙巴比倫宣言。而西布克亦趁機潛入羅納家的別墅，欲帶走塞茜莉未果，反而連累了自己的父親。回到“宇宙方舟”，和分別多時的母親相遇，不免責怪其母拋下他和莉絲埋頭於工作中。當西布克和他的母親盡釋前嫌時，塞茜莉的母親娜蒂婭亦逼著希奧帶她去見自己的女兒，並要塞茜莉離開羅納家。不聽母親勸告的塞茜莉揚長而去，此時娜蒂婭發現站在她身後的希奧已被鐵假面所殺，緊接著自己也被C.V計程車兵抓了起來。
3月30日，不知情的塞茜莉與薩比尼一起奉命佯攻FRONTIERⅠ，而鐵假面則帶著他的艦隊佔領FRONTIERⅠ的能量供應裝置替其秘密武器“巴庫”提供能源。薩比尼的部下安娜瑪麗因嫉妒其上司對塞茜莉的過分關懷而倒戈，投奔“宇宙方舟”，和西布克等人一同迎擊C.V的“黑之部隊”。當安娜瑪麗的MS被薩比尼擊中後，西布克亦與塞茜莉的MS交鋒，所幸最後兩人認出了對方，塞茜莉回到西布克的身邊。“黑之部隊”撤退後不久，鐵假面的母艦上便放出大量“巴庫”進入衛星中。“巴庫”是一種專門用來殺人的兵器，它能感應人的波長而上天入地將衛星中的居民全部殺死！西布克、塞茜莉和比路基德三人奮力抵抗“巴庫”，卻沒有多大效果，比路基德當場陣亡。西布克和塞茜莉設法將“巴庫”吸引到狹窄的通道中令其相撞，然後又炸燬了生產“巴庫”的船艦。回到母艦上的薩比尼，知曉鐵假面瞞著他和總帥邁茲亞製造了“巴庫”並企圖以此將月球和地球的居民全部抹殺之事後，立刻將鐵假面的副官處死，並令餘下的C.V部隊撤離FRONTIERⅠ。
覺察到塞茜莉背叛的鐵假面惱羞成怒，駕駛著最新的MA“拉普雷西亞”追擊塞茜莉和西布克。戰鬥初始，F91和塞茜莉駕駛的比基納·基納在拉普雷西亞的強大力量下毫無還手之力，比基納·基納被擊毀，塞茜莉被鐵假面抓出駕駛艙拋向茫茫的宇宙。憤怒的西布克發揮出F91真正的力量，使出有質量的殘像“分身”將鐵假面打倒。戰鬥結束後，及時逃出FRONTIERⅠ的宇宙方舟緩緩駛向F91，薩比尼見宇宙方舟上搭載著大量的難民，又目睹到西布克失魂落魄地四處尋找塞茜莉的樣子，便放過他們帶著自己的部下悄悄離去了。西布克在其母親的指點下，運用NEWTYPE的感知能力，終於找到了飄蕩在無盡空間中的塞茜莉，兩人相擁在一起，其喜悅之情不言而喻。