漫天的大火就要將這一座貌不驚人的高樓吞噬。這是隱匿了多年的組織的總部。這沖天的火光，似要照徹那黑暗的長夜，撕裂那沉重的過往。樓下，已是佈滿了日本警方及FBI的車輛。
目暮警官手持對講機：“所有警員已安全撤離？好，我知道了。”赤井秀一走過來，道：“參加此次行動的FBI也全部撤出這幢樓了。”目暮警官鬆了口氣：“看來，終於結束了啊。”
忽然，一個小小的身影奔來，喊出的是令所有人心驚的話語：“不好了，灰原哀不見了！”
“柯南，你說什麼？！那個女孩不是和你在一起的嗎？”目暮吃驚地吼道。
“剛才還是在一起的。”柯南恨恨地一拳砸在地上。糟了，都是自己不好，一個疏忽灰原就不見了。“難道……她，竟又回到了樓裡？”
“什麼？”目暮警官瞪大了眼睛。一個警員過來彙報：“目暮警官，消防車還有三分鐘才會來。”這座被熊熊大火燃燒著樓房，都不知道還能撐多久！之前大家並沒有想到，組織竟會用這種方式作為滅亡前最後的決斷。畢竟是縱橫世界數十載的龐大組織啊，即使到了覆滅的時候，也不留下絲毫的痕跡給警方。
一時之間，所有人的目光聚集到大樓上。那個神秘的小女孩給這次行動帶來大量的情報，甚至和柯南一起親身涉險，可在組織的一切即將付之一炬的時刻，為什麼又回到樓中？
柯南抱著試試看的心情撥了灰原的手機號。居然，通了？“灰原，你在哪裡，你瘋了嗎！快點下來！”電話中傳來一個冷冷的聲音：“不必擔心，我沒事。”“喂，喂！”重撥，卻再無人接聽。